如何处理股东纠纷恶意扣押公章？

按照借贷主体进行起诉
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根据具体情况解决
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股东纠纷恶意扣押公章的，如果造成公司损失的，则公司可以要求股东赔偿。如果引起打架斗殴、毁损财务等违反治安管理的行为的，则可以向公安机关报警处理。法律依据：《中华人民共和国公司法》第二十条公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。《中华人民共和国治安管理处罚法》第九条对于因民间纠纷引起的打架斗殴或者损毁他人财物等违反治安管理行为，情节较轻的，公安机关可以调解处理。经公安机关调解，当事人达成协议的，不予处罚。经调解未达成协议或者达成协议后不履行的，公安机关应当依照本法的规定对违反治安管理行为人给予处罚，并告知当事人可以就民事争议依法向人民法院提起民事诉讼。